Im Kirchenkreis Rotenburg gibt es zur Zeit acht kirchliche Stiftungen.

Der Kirchenkreis Rotenburg hat die Diakoniestiftung des Kirchenkreises Rotenburg. Die Kirchengemeinde in Scheeßel hat die St.-Lukas-Stiftung, die Kirchenregion in Rotenburg die Stiftung Kirche für Rotenburg, die Kirchengemeinde Sottrum die St.-Georg-Stiftung, Kirchengemeinde in Neuenkirchen die Bartholomäus-Stiftung und die Peter und Paul Kirchengemeinde in Schneverdingen die Peter-und-Paul-Stiftung, sowie die Rotenburger Werke der Inneren Mission die Gerhard Tiedtke Stiftung und das Diakonissen-Mutterhaus die Elise-Averdieck-Stiftung.